Северная часть озера называется Заонежье. Его главное природное и туристическое сокровище – Кижские шхеры. Такое название дали огромному архипелагу, включающему почти 500 островов разных размеров и форм. Суммарно архипелаг занимает территорию в 560 км². Есть острова крупные, например, Большой Климецкий (также Большой Клименецкий), и совсем маленькие, скорее напоминающие камни. Между островами пролегает целая сеть каналов и проливов, образуя настоящий лабиринт.

Кижские шхеры считаются заповедной территорией. Флора архипелага насчитывает 700 видов растений; обитает здесь и множество животных и птиц, включая охраняемые виды. Жемчужина шхер – остров Кижи. С 1966-го он имеет статус музея. В нем представлены бесподобные образцы старинного деревянного зодчества из деревень Заонежья: Преображенская и Покровская церкви, шатровая колокольня. Из-за царящей здесь атмосферы путешествие на остров Кижи напоминает перемещение назад во времени.