Испанец Родриго де Борха-и-Домс (итальянское имя Борджиа) был избран Папой под именем Александр VI после кончины Иннокентия VIII. Борджиа дал свое имя части резиденции, использовавшейся во время его папства, которое длилось с 1492 по 1503 год и было отмечено такими важными событиями, как открытие Америки и юбилей 1500 года.

Апартаменты Борджиа состоят из 6-ти залов, отреставрированных и декорированных по приказу Папы Александра VI. В настоящее время в этих монументальных помещениях хранится часть коллекции современного и новейшего искусства музеев Ватикана, которая была открыта Павлом VI в 1973 году:

• Зал сивилл и Зал вероучения находятся в башне Борджиа.
• Зал свободных искусств, Зал святых и Зал тайн расположены в крыле, построенном Николаем V (1447-1455). 
• Зал понтификов находится в самом старом крыле, построенном Николаем III (1277-1280).