История храма началась в далёком 1740 году, когда Алексей Чириков в качестве пожертвования преподнёс жителям посёлка на берегу Авачинской бухты походную палаточную церковь. Освящена она была во имя Рождества Пресвятой Богородицы. В дальнейшем было построено деревянное здание, которое неоднократно реконструировалось.

В честь святых апостолов Петра и Павла церковь освящена в 1810 году. В советское время была разрушена. В 1992 году возведено новое здание в необычном модернистском стиле. Увенчано строение традиционными золотыми куполами.

При сносе здания в середине XX века в тайнике церкви обнаружена уникальная находка — Евангелие в старинном золотом окладе.