Храм на реке Ишне изначально был частью Богоявленского Аврамиева монастыря. Согласно преданию, на этом месте Иоанн Богослов встретил Авраамия Ростовского и передал ему тростниковую трость. С её помощью Авраамий снёс установленного здесь языческого идола — бога Велеса. Вместо языческого капища был возведён монастырь.

Церковь, которая сохранилась до наших дней, была построена в 1687 году, на месте старой. По Ишне сплавляли готовый сруб для её строительства, поэтому существует легенда, что живописная двухъярусная церковь приплыла сюда по реке. Шестигранную колокольню построили в XIX веке. Иконы в алтарной части храма относятся к XVI-XVIII векам.

В 1913 году церковь посетил Николай II c наследником цесаревичем Алексеем, с августейшими дочерьми Ольгой, Татьяной, Марией и Анастасией.