Монастырский комплекс входит в число древнейших городских построек: первое летописное упоминание относится к 1096 году. Построенный, как считается, при дворе князя Глеба, он выполнял еще и оборонительные функции. Значительный вклад в развитие монастырской инфраструктуры внес царь Иван Грозный.

В XVII в. монастырь пострадал при нападении литовцев. Позже комплекс дополнился новыми постройками: каменными Покровской и Кирилло-Белозерской церквями, настоятельным корпусом, семинарией и братским корпусом; также была построена колокольня с шатровым завершением.

В 1920-30-х гг. здесь действовало отделение НКВД. Сейчас Спасо-Преображенский мужской монастырь вернулся в лоно Муромской епархии и является действующим.