Обитель образована в начале прошлого века по повелению игумена Спасо-Преображенского монастыря Маврикия, который после паломничества на Святую Землю задумал сделать центр «русского Иерусалима». Гефсиманский скит повторяет одноименный сад в Иерусалиме, где молился Христос перед Крестными Страданиями.

Заброшенные в годы советской власти строения недавно отреставрированы, возобновилась монастырская жизнь. В комплекс скита входит храм Успения Пресвятой Богородицы. В архитектуре строения использованы цвета Богородицы: голубая кровля сочетается с жёлтыми стенами. Внутренний интерьер украшает резной иконостас из кипарисового дерева.

В начале 1920-х годов в Гефсиманском ските жил исповедник «старого стиля» иеромонах Тимон (Питкевич), в схиме Михаил.