Еще со времен Великой осады 1565 года Церковь Богоматери Победы знаменует победу рыцарей над турками. Это первая церковь, которую построили в Валлетте. Церковь была первоначальным местом захоронения великого магистра Мальтийского ордена де ла Валлетты. Однако позже его останки перенесли в Собор святого Иоанна, и в 1617 году постройка стала главной приходской церковью Ордена Валлетты.

На протяжении веков церковь серьезно пострадала. Начиная с 2000 года, был осуществлен большой четырехлетний проект по реставрации церкви, который включал восстановление не только самого здания, но и оригинальных произведений искусства Франческо Захра и Энрико Арно.