Музей природы Карадага появился в 1914 году, т.е. практически одновременно с созданием Карадагской научной станции. Первые экспонаты музея умещались в двух шкафах, к 1970-м годам коллекция существенно разрослась и насчитывала уже около 200 биологических и более тысячи геологических экспонатов. Большой акцент сотрудники музея всегда делали на просветительской деятельности, проводя увлекательные лекции и тематические семинары для школьников и студентов.

В XXI веке музей природы Карадага продолжает оставаться сравнительно небольшим, но очень интересным. Его посетители имеют возможность увидеть многочисленные образцы горных пород Карадага, являющегося настоящей минералогической кладовой, чучела млекопитающих, птиц, земноводных и пресмыкающихся, обитающих в этих краях, большую коллекцию местных бабочек. Экскурсия по музею позволит ближе познакомиться с природой этого уникального уголка Крымских гор и подготовиться к путешествию по экологической тропе заповедника.