Монастырь возведён под руководством архиепископа Феодора — племянника Сергия Радонежского ростовского. Строения из древесины постепенно заменили на каменные. Собор Рождества Богородицы появился при Ионе Сысоевиче в конце XVII века. Ещё через сто лет поменяли деревянные кельи и настоятельские покои, выстроили ограду. Самой свежей постройкой является трапезная церковь Тихвинской Иконы Божией Матери.

При советской власти в зданиях монастыря находился архив. Восстановление началось в 90-е годы прошлого столетия и продолжается о сих пор.