Домовую церковь возвели в 1675 г. по инициативе Митрополита Иона, основателя Ростовского кремля. Она долго была центром духовной жизни епархии. В конце XVIII столетия, когда архиерейскую кафедру перевели в Ярославль, богослужения прекратились. Помещение отдали под хранение соли и винных бочек. В 1919 году на базе бывшей церкви основали музей.

Главной художественной ценностью храма являются росписи XVII века, выполненные ярославскими художниками. Иконостас выполнен в виде фрески.

Западная стена украшена потрясающей фреской «Страшный суд». В руках у Спасителя весы, на которых взвешивают душу. Одну чашу тянут вниз черти. Перевешивает другая чаша, на которую Ангел положил платок со слезами раскаяния.