История древнего монастыря берёт начало в 1528 году, когда в этих местах поселился Нил Столбенский. Почти 30 лет отшельничества он ни разу не прилёг, а спал, опираясь на деревянные крюки. После его кончины слава о нетленных мощах, несущих исцеление, сделала монастырь центром паломничества.

На территории обители находится старейшее культовое сооружение Селигера, возведённое в XVII веке — церковь Всех Святых. Великолепная панорама окрестностей открывается с колокольни семиглавого Богоявленского собора постройки начала XIX века. Рядом стоит Братский корпус, внешне похожий на дворец.

На самом острие мыса высится белоснежная Крестовоздвиженская церковь в стиле барокко. В обители есть своя водонапорная башня, гостиница для паломников, разбит парк. В близлежащей деревушке открыта турбаза «Нилова пустынь».

В лавке при монастыре продаются монастырский хлеб, иконы, медовуха, чайные сборы, ягоды. Здесь можно купить копченую озёрную рыбку и вязаные изделия отменного качества.