Основателем обители считается Антоний Римлянин. По преданию, он молился на скале, как вдруг она оторвалась и поплыла по реке. В месте, где она пристала к берегу, и был основан Антониев монастырь. Собор Рождества Богородицы построили, согласно летописи, в 1117-1119 гг., а через несколько лет красиво расписали фресками.

Камень, на котором прибыл преподобный Антоний, занял место среди святынь обители при игумене Вениамине. Серьезный ущерб монастырю был нанесен при Новгородском погроме, но в XVIII веке прошли крупные восстановительные работы: построили церковь Александра Невского, больницу, бани. Сегодня монастырский комплекс входит в состав музея-заповедника; в нем также находятся факультеты НГУ.