Музей-заповедник состоит из нескольких секторов, которые объединены по тематике и местоположению. Главный сектор, посвященный традиционной русской культуре, носит название «Русские Заонежья». Здесь расположен знаменитый Кижский погост – храмовый комплекс, ставший визитной карточкой острова и прославивший его на весь мир. На территории сектора можно ознакомиться с аутентичным деревенским бытом и проехаться в бричке, запряженной лошадьми.

Туристам, приезжающим группами, по предварительным заявкам доступны дополнительные экскурсии и интерактивные программы, в том числе мастер-классы по местным ремеслам: изготовлению кукол из лыка, плетению, вышивке и ткачеству.

Во время тематических экскурсий можно узнать много интересного о традициях чаепития в Олонецкой губернии и таинствах процесса реставрации. Туристы могут увидеть музейную коллекцию деревянных предметов и научиться готовить традиционные блюда коренных жителей Карелии.