В первые столетия существования на Москву обрушились многие напасти: войны, пожары и эпидемии. В 1177 году крепость разрушил рязанский князь Глеб Ростиславич. Дома отстроили, но уже в 1238 году город вновь был разорён — на этот раз войсками хана Батыя. Потом последовали нападения Тохтамыша, а затем и Девлет‑Гирея. Зимой 1353 года в Москву пришла «чёрная смерть» — пандемия лёгочной чумы, распространившаяся тогда по всей Европе. Погибло до четверти населения города. В 1365 году в знойный день в городе случился страшный пожар, в результате которого не уцелело ни одного здания. Несмотря на многочисленные невзгоды, Москва раз за разом восставала из пепла.Во времена монгольского владычества люди искали спасения от захватчиков на спокойных перифериях княжеств. В небольшую Москву устремились переселенцы из Владимира, Суздаля и Ростова — крупнейших городов Северо‑Восточной Руси тех времён. Также сюда съезжались выходцы из Полоцка, Чернигова, Смоленска, которые страдали от нападений литовцев. Москва постепенно разрасталась и начинала укреплять позиции среди других развитых городов.

Долгое время Москва входила в состав Владимирского княжества. К XIV столетию город стал центром самостоятельного государственного образования. Здесь правил Иван I Данилович. Князь договорился с правителями Орды, что сам будет собирать дань со всех русских территорий и привозить в Сарай‑Бату. Сокровища стали стекаться в Москву, а князь Иван решал, что можно оставить у себя. Казна росла, а правителя даже прозвали Калитой, что означает «денежный мешок».

Главным экономическим и политическим противником Москвы того времени была Тверь. Борьба городов за влияние длилась около двух столетий. История вполне могла повернуться таким образом, что именно Тверь стала бы центром Руси. Но дело решил случай. В 1327 году в Твери вспыхнуло восстание против монголо‑татарских завоевателей. Орда жестоко подавила мятеж: город был разорён и сожжён. В карательном походе на стороне ханов принял участие и правитель Москвы Иван Калита. За исключительную лояльность его наделили статусом великого князя.